Wo Warenströme fließen und Abgaben in beträchtlicher Höhe erhoben oder Ausfuhrerstattungen und Vergütungen ausgezahlt werden, werden auch Möglichkeiten ausgelotet, um solche Systeme zum persönlichen Vorteil zu nutzen. Dies erfolgt zunehmend auch organisiert und mit hoher Gewaltbereitschaft. Hier setzt die Arbeit der Zollfahndung ein, der Kriminalpolizei des Zolls.

Das Zollkriminalamt (ZKA) ist die Zentralstelle des deutschen Zollfahndungsdienstes. Es sammelt Informationen, wertet sie aus und koordiniert und steuert die Ermittlungen der Zollfahndungsämter. Es ist auch die Zentralstelle der Zollverwaltung bei der Zusammenarbeit mit ausländischen Dienststellen.

Auch Spezialeinheiten sind im Zollfahndungsdienst vertreten. Diese teilen sich nach Zugehörigkeit auf in die: